2023.07.13 对沈茜当前工作的总结

pytorch - tensorflow

负责 完成细胞计数,细胞的形态学分析,以及后续后续细胞追踪 (全局,划线锁定)

传统路线,通过参数调整可以实现细胞计数和,细胞的形态学分析的效果。

在后续的细胞追踪中,传统的算法的效果(X)

目前尝试使用机器学习中 Graph Neural Network cell-tracker-gnn 对于细胞追踪。(2D or 3D)

同时也在尝试使用 使用 EmbedTrack (2D)

Simultaneous Cell Segmentation and Tracking Through Learning Offsets and Clustering Bandwidths

尝试训练模型

Fluo-N2DH-SIM+ ,Fluo-N2DL-HeLa

代码已经跑通, 和github中介绍的效果相似。

接下来,要去实际的拍摄一些细胞图像,用真实的数据,进行建模训练。 验证数据集的敛散性

同时在进行 关于C++ libtorch的一些学习,正在尝试用 c++ 调用已经训练好的模型。